proftpd

Скрываем версию PHP (X-Powered-By):

В файле конфигурации php.ini находим и выставляем параметр

expose_php = Off

В дебианоподобных системах данный файл находится по адресу /etc/php5/apache2/php.ini

Скрываем версию Apache:

В файле конфигурации httpd.conf (хотя в некоторых сборках конфиг может храниться в другом файле, например apache2.conf) находим и выставляем параметры

ServerTokens Prod
ServerSignature Off

Скрываем версию ProFTPD:

В файле конфигурации /usr/local/etc/proftpd.conf
выставляем параметр

ServerIdent Off